在實際工作中被測量的樣品，通常其成分是由多種多樣元素構成，除待測元素之外的元素通稱為基體。因為被測量的樣品中，其基體成分是變化的（這變化一是指元素的變化，二是指含量的變化），它直接影響待測元素特征X射線強度的測量。換句話說，被測元素含量同樣，因為其基體成分不一樣，測量到的被測元素特征X射線強度是不一樣的，這就是基體效應。基體效應是X射線瑩光定量分析的主要誤差來源之一。
基體效應是個無法避免的客觀事實，其物理實質是激發（吸收）和散射導致特征X射線強度的變化，除待測元素外，基體成分中挨近被測元素的元素對激發源的射線和被測元素特征X射線造成光電效應的機率比輕元素（在地質樣品中一些普遍的主要造巖元素）的概率大很多，也就是說這些相鄰元素對激發源發射點的X射線和被測元素的特征X射線的吸收系數比輕元素大很多；輕元素對激發源釋放的射線和被測元素的特征X射線康普頓散射機率比重元素大很多。
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