無菌室也稱接種室，是一個可在此范圍或區間內進行開放式接種操作的相對潔凈無菌的房間。根據控制無菌室中雜菌方法的不同，無菌室又可分為物理機械滅菌無菌室和化學滅菌無菌室。
1、物理機械滅菌無菌室
用高效過濾的方法進行空氣過濾，把室內懸浮的塵埃粒子和生物粒子過濾去除，以達到無菌的區間，也稱潔凈室，其核心部分是高效過濾器。此種無菌室安全、有效，在操作過程中，只要空氣不斷被過濾，就可長時 間保持無菌狀態。但該種無菌室造價高，一次性投資大，一般栽培戶是難以承受的，并且我國目前大都是利用自然氣候進行香菇生產，并不需要常年使用無菌室，因此，此種無菌室在香菇生產中極少使用。
2、化學滅菌無菌室
化學滅菌無菌室是指采用化學滅菌劑對一個相對密封的房間進行消毒滅菌，使該房間在一定時間內達到相對無菌狀態，其大小可根據生產規模和實 際生產應用的房間而定。為了方便操作，無菌室一般設在冷卻室的邊上，使需要接種物在冷卻后可直接進入無菌室。目前生產上應用的蚊帳式接種棚是化學滅菌無菌室的特 例，其搭建更為方便，投資更省并不受場地限制，密封性好，在代料香菇生產料棒接種時作為無菌室使用，在浙江省松陽、慶元、縉云等縣生產應用較為普遍。無菌室的消毒有紫外線滅菌燈照射和化學殺菌劑如甲醛、氣霧消毒盒進行熏蒸兩種方法。
