1、回流方式
根據生化系統形式、硝化液回流的方式和位置不同，MBR的回流有各種不同的方式，綜合各種回流方式的實際效果，建議：
①采用膜池回流混合液至好氧區，再由好氧區回流硝化液至缺氧區，因為如果采用膜池回流硝化液至缺氧區的方式，由于混合液富含大量氧氣，破壞缺氧條件，導致反硝化反應不充分;
②如果采用兩段缺氧生化工藝，宜采用兩點回流方式，因為盡管增加了相應的管渠，但是兩區的回流比例可以按照實際運行情況進行分配，以便于充分有效地利用原水碳源和內源碳源來提高系統脫氮效果，減少外加碳源的用量。
2、進水方式
由于在城鎮污水處理工程中均有較高的除磷脫氮要求，因此大多采用了厭氧-缺氧-好氧工藝，對于MBR工藝而言，生物反應池建議采用兩點進水方式，即在生物池前設置進水分配渠道和分配調節堰，污水進入到分配渠道后，通過兩套調節堰門將原水按照一定比例分配到厭氧區和缺氧區，從而選擇優先滿足生物脫氮還是生物除磷對進水碳源的需要，而且各區的分配比例還可以根據不同水質條件下生物脫氮和生物除磷所需碳源的變化進行靈活調節。
3、提升方式
由于膜池有效水深較生物池淺，混合液回流有兩種提升方式：
①采用前提升系統，即好氧池出水由泵提升至膜池，膜池的混合液重力回流至生物池;
②采用后提升系統，即好氧池出水自流至膜池，膜池的混合液通過回流泵提升至生物池。后提升系統較前提升系統提升混合液的流量小，回流泵分別對應各組膜池便于獨立檢修，但管路系統較為復雜;前提升系統管路系統較為簡單，檢修維護工作量小，提升揚程較低。在現有的MBR系統中兩種回流方式均有應用。實際工程應用時應根據水位差、膜池分組情況、進水水質和膜組件形式等綜合比較確定。
4、好氧區形式
傳統活性污泥A2O系統的好氧區構型多為長方形廊道的推流式形式。對于MBR工藝，其好氧區宜設計成混合式，一方面有利于混合液處于良好的紊動，保持懸浮狀態，減小因剪切造成的污泥顆粒破解，并提高曝氣設備的充氧速率;另一方面，從膜池回流至好氧區的大比例混合液可以實現快速混合以充分利用膜池內的DO。
