通常所說的消毒是指經過高壓或常壓滅菌后，菌種瓶冷卻至室溫，為了將純菌種接入菌種瓶內，就必須創造局部相對無菌的接種空間，為此就得采用物理或化學方法對局部空間進行消毒，使飄浮的大部分微生物致死。換句話說，就是凈化接種的空間。此外，栽培前為了改善菌種培養及菌棒栽培環境，尤其是老菇棚、菌種場的空間及衛生條件等，統稱為消毒。消毒的方式主要有以下幾種：
（1）巴氏消毒
在60～66℃的溫度下，可以把大部分營養菌殺死，如雙孢菇培養料的后發酵過程，能殺死有害于蘑菇的雜菌和害蟲。
消毒方法大體上可分為物理法和化學法兩大類。物理法主要有加熱、冷凍、輻射、紫外線和微波消毒等方法，化學法是利用各種化學藥劑進行消毒。
1.物理消毒法物理消毒法主要指利用太陽光和紫外線照射等進行消毒的方法，這種消毒方法簡單方便，不需要使用藥劑，是一種綠色環保的消毒方法，應大力提倡使用。
2.化學消毒法化學消毒法是指使用化學藥劑進行清除、殺滅和滅活致病微生物的方法。化學消毒法常用的化學消毒劑根據化學結構和消毒效果可分為以下幾類：
（1）噴灑消毒將消用水稀釋成合適的濃度來噴灑消毒，主要用于畜禽舍、籠具、飼養場地、運輸工具及排泄物，周邊環境的消毒。（2）熏蒸消毒一般用甲醛和混合后發生反應，產生的氣體具有強烈的刺激性氣味來達到消毒的目的，多用于密封舍的消毒和種蛋消毒。熏蒸消毒必須有較高的室溫和相對濕度，室溫不低于15℃，相對濕度為60%～80%，消毒時間為8～10小時。（3）飲水消毒將消毒劑稀釋到合適的濃度，即將消加入一定量的水中，讓畜禽自由飲用，來消除腸道病菌。（4）浸泡消毒用于浸泡用具、器械的消毒。
日光消毒法、煮沸消毒法。
1、日光消毒法
日光中的紫外線具有良好的天然殺菌作用，只有當物品直接暴露在陽光下6小時，且不與玻璃窗分離時，才能達到消毒的目的。所以兒童的枕頭、床上用品、毯子、棉褲、毛衣、玩具等經常能暴露在陽光下，以減少細菌繁殖，避免病原菌侵入人體。
當暴露在陽光下時，應注意翻轉動物產品，使各方面都能直接暴露在陽光下，起到消毒作用。
2、煮沸消毒法
煮沸消毒法主要適應于小兒的食具，也適用于煮沸用具，如瓶、筷子、湯匙、紗布、毛巾等。該方法簡單可靠。通常情況下，在消毒前，器具或器皿要浸泡在水中并煮沸20-30分鐘。
（1）加熱滅菌法
利用高溫來殺死微生物（超過**生長溫度）的方法。加熱滅菌的原理：當高溫作用于微生物時，首先引起細胞內生理生化反應速率加快，機體內對溫度敏感的物質如蛋白質、核酸等，隨著溫度的增高而遭受不可逆的破壞，盡而導致細胞內原生質體的變化、酶結構的破壞，從而使細胞失去了生活機能上的協調，停止了生長發育。隨著高溫的繼續作用，細胞內原生質便發生凝固，酶結構破壞，活動消失，生化反應停止，滲透交換等新陳代謝活動消失，細胞死亡。加熱滅菌可分干熱滅菌和濕熱滅菌兩大類。
