分子蒸餾能夠有選擇地將目的產物蒸出，將其它雜質去除。通過多級分離能夠將超過兩種的物質同時分離出來。分子蒸餾的分餾過為物理過程，所以能夠對被分離物質進行非常好的保護，使其不會受到污染和侵害。分離方法被提供來分離高沸點、熱敏及易氧化物料。由于是在遠遠低于物料沸點的溫度下對分子蒸餾進行操作，并且物料僅可以停留較短的時間。分子蒸餾能夠相當有效地將如有機溶劑、臭味等物質脫除。此對于采用溶劑萃取后液體的脫溶為十分行之有效的方法。
分子蒸餾條件：
1、在大中型短程蒸餾中，冷凝器和加熱表面之間的距離大概是20-50毫米，殘余氣體的壓力是10-3豪巴時，殘余氣體分子的平均自由程長大概是兩倍長。分子蒸餾的所有必要條件，短程蒸餾器均可以滿足。
2、所有蒸汽分子在沒有和其它分子遇見以及往液體返回的過程中往冷凝器表面到達。在所處的溫度下使得蒸發速度所可能的zui大值達到。蒸發速度正相關于壓力，所以分子蒸餾餾出相對比較小的液量。
3、殘余氣體必須具有非常低的分壓，導致殘余氣體的平均自由程長度為蒸餾器和冷凝器表面之間距離的倍數。
4、當壓力處于飽和狀態時，蒸汽分子的平均自由程長度的數量級必須保持等于與蒸發器以及冷凝器表面之間距離，在沒有任何障礙的情況下由殘余氣體分子中發生蒸發。
